Infeksi endogen genitalia wanita merupakan infeksi yang disebabkan oleh perubahan keseimbangan bakteri endogen vagina, termasuk bacterial vaginosis (BV) dan kandidiasis vulvovaginalis (KVV). Keduanya menyebabkan angka kejadian dan rekurensi yang tinggi, dan regimen terapi standar menunjukkan efektivitas yang bervariasi. Akhir-akhir ini Lactobacillus sebagai probiotik sering digunakan untuk terapi dan pencegahan rekurensi pada BV dan KVV. Lactobacillus merupakan flora normal dominan pada vagina, yang mampu menghasilkan asam laktat untuk menjaga pH normal, menghasilkan substansi antimikroba, menempel pada sel epitel vagina, dan menghambat pertumbuhan mikroba patogen. Penelitian menunjukkan efektivitas yang bervariasi dalam penggunaan Lactobacillus pada BV dan KVV, baik dalam bentuk sediaan oral ataupun intravagina. Lactobacillus efektif digunakan dalam pencegahan rekurensi BV, dan sebaiknya digunakan sebagai kombinasi bersama terapi antibiotika standar. Penelitian in vitro mendukung efektivitas Lactobacillus dalam inhibisi Candida, namun dibutuhkan lebih banyak penelitian klinis yang baik untuk dapat menjelaskan lebih lanjut efektivitas dan keamanan Lactobacillus untuk terapi KVV.